ProtTech 開(kāi)發(fā)了專有軟件能自動(dòng)檢索多種PTMs，基于這個(gè)技術(shù)平臺(tái)，我們提供全面的PTM分析服務(wù)。
1：能夠檢索30多種已知的PTMs，也可以根據(jù)客戶需要來(lái)分析其他分子量變化小于400D 的修飾。
2：可以根據(jù)修飾和未修飾肽段的EIC數(shù)據(jù)進(jìn)行蛋白修飾定量分析。
3：通過(guò)多種酶酶解，能夠得到100%的蛋白氨基酸序列，檢測(cè)低至0.1%PTMs 。
樣品要求：
1：蛋白純度80%以上，蛋白量10ug 以上。
2：接受溶液樣品，考染或者熒光染色膠帶樣品，跑膠前需要做Reduction/Alkylation處理。
3：根據(jù)蛋白序列選擇合適的酶，客戶需提供蛋白理論序列。
流程：
1：酶解
1）每個(gè)蛋白一般需要兩個(gè)酶解反應(yīng)，trypsin 是首選，基本可以得到60-80%的序列。
2）根據(jù)尚未覆蓋的序列和酶的活性來(lái)選擇第二種酶，例如： Glu-C 在溶液中比膠帶中活性高。
很多情況下，chymotrypsin是比較好的選擇，但由于它的非特異性，數(shù)據(jù)分析比較復(fù)雜。
2：NanoLC-MS/MS，
酶解后的肽段經(jīng)過(guò)NanoLC-MS/MS檢測(cè)，該系統(tǒng)能靈敏檢測(cè)低豐度的蛋白，得到較高的肽段覆蓋率。
3：生物信息學(xué)分析
每一個(gè)ms/ms數(shù)據(jù)，軟件能夠檢索所有可能的PTMs，包括磷酸化、乙?；?、甲基化、泛素化等。由于質(zhì)譜儀的測(cè)量范圍，我們檢測(cè)的PTMs分子量小于400D。軟件算法也應(yīng)用于去除假陽(yáng)性結(jié)果。
4：驗(yàn)證
對(duì)每一個(gè)檢測(cè)出來(lái)的PTM進(jìn)行人工驗(yàn)證和質(zhì)譜核對(duì)。
5：定量
我們通過(guò)修飾和未修飾的肽段的EIC來(lái)計(jì)算PTM的比率。如果某個(gè)PTM會(huì)顯著改變肽段的離子化程度，我們會(huì)對(duì)其使用校正因子。
6：報(bào)告
我們會(huì)在報(bào)告中提供修飾位點(diǎn)，結(jié)構(gòu)和修飾比率。